Quelques points clés
PHRCI Grand Ouest
Regovar est un projet de recherche financé par les CHU du réseau HUGO. Il vise à développer un logiciel d'analyse de données de séquençage haut débit, depuis la récupération des fichiers produits par les séquenceurs, jusqu'à la génération de rapports, de comptes-rendus d'analyse en passant par les contrôles de qualité, la détection, l'annotation, le filtrage, la priorisation et la visualisation de variants.
Libre et open-source
Pas de contraintes contractuelles ni budgétaires. Regovar est un logiciel libre (sous licence AGPLv3) et gratuit, tout comme les technologies sur lesquelles il se base.
Rejoignez les sept CHU impliqués dans ce projet collaboratif sans limites institutionnelles ou géographiques.
Panel, exome, génome
La base de données de Regovar a été conçue pour permettre le traitement efficace de grandes quantités de données liées à l'analyse régulière de génomes. La souplesse des outils développés pour Regovar permet de manipuler ces données facilement, que l'on travaille sur des panels de gènes, des exomes ou des génomes complets.
Diagnostic et recherche
Regovar a été conçu pour une utilisation aussi bien en recherche qu'en diagnostic. Afin de répondre aux normes requises pour le diagnostic, Regovar garantit une tracabilité exhaustive des actions réalisées sur les données et de rejouer n'importe quelle analyse dans les conditions d'origine.
Pour les cas nécessitant une recherche plus approfondie, Regovar offre la possibilité de créer des filtres complexes et de tester en quelques clics d'autres pipelines mis à disposition.
Simple et moderne
L'interface ergonomique s'adresse à la fois aux cliniciens, aux biologistes et aux bioinformaticiens.
Moteur de recherche convivial
Recherchez à la fois parmi vos données locales, celles d'OMIM, de Human Phenotype Ontology, de PubMed… Accédez rapidement aux outils en ligne tel que Varsome.
Base de données
Sauvegardez vos données NGS et vos annotations dans une base de données locale et sécurisée.
Pipelines
Créez et ajoutez vos pipelines ou utilisez ceux déjà disponibles.
Partage
Partagez si vous le désirez vos pipelines et vos panels. Vous pourrez prochainement partager vos filtres ainsi que vos annotations et statistiques sur les variants.
Technologies fiables et modernes
Python, Qt, PostgreSQL, Docker, NGINX…
Performance
Filtrez vos variants en quelques secondes, accédez à vos données aisément et rapidement.
Multi plateformes
L'application est compatible avec Windows, Linux et macOS.